熊本县位于日本的西端、九州岛的中心位置，东邻大分县和宫崎县，西临有明海、八代海，与东海相接，南接鹿儿岛县，北连福冈县。东部有九州山地，北部有筑肥山地，在西北部，从山地流出的菊地川和球磨川等河流在有明海沿岸形成了熊本平原和八代平原，从本土向西南突出的宇土半岛的前面有天草诸岛，三面环山，63%的土地由森林覆盖，是日本数一数二的农业县。地形丰富多彩，气候温暖，极有利于农业发展，西瓜、番茄、榻榻米草等作物的生产量居全日本之首。渔业方面天草渔场、有明海和八代海等渔场，鱼种相当丰富。
熊本县位于日本九州地方中央西部，北九州与南九州的接壤处，距离日本首都东京公里，距离汉城公里，由于地理上的原因，熊本自古以来就是九州地区的*治中心。土地面积约为平方公里，居日本第15位。其面积大约相当于香港的7倍、北爱尔兰（英国）的0.5倍，其中63%的土地为森林所覆盖。北部是平缓的山地，东部至南部由海拔米的群山环绕。东北部有阿苏山，那里有世界级的破火山口。西部面向有明海与八代海，其外海与东海相连。东部有九州山地，从山地流出白川、绿川以及被称为日本三大激流之一的球磨川。下游地区有熊本、八代平原，白川、绿川和球磨川，注入岛原湾、八代海（不知火海）。八代海以西有天岛诸岛。水资源十分丰富，在日本环境厅的“名水百选”中，有白川水源、池山水源、菊池水源和轰水源入选。熊本市内市民使用的自来水几乎%是由地下水供应的，在全日本是极为罕见的，有名水之乡的美称。
气候温暖，冬夏温差较大，呈内陆性气候特征。盛夏时节35℃以上的高温也不足为奇，并且高温常常持续到深夜，而寒冬来临时，最低气温则常常降到零度以下。6、7月份是梅雨季节，在梅雨季节后期受西南热潮气流的影响，往往连降大雨。八代平原的灯心草栽培很有名气，产量约占日本全国总产量的七成左右；熊本平原除出产稻米以外，也是日本有名的露地白兰瓜和西瓜的产地。此外，天草诸岛盛产柑桔，阿苏地区是牧草丰盛的牧业区；水俣市是化学工业区。
也有人别称熊本县为“火之国”，其原因有三：一是因为世界上最大的重叠式活火山——阿苏山就在熊本县。它由五十多座火山先后喷发叠加而成，造成了外围山群和核心山岳，堪称世界罕见的奇观，其中最大的火山口——中岳火口。阿苏山的中心五岳——中岳、高岳、根子岳、杆岛岳和乌帽子岳，点缀在周长为公里的外围山脉中，青翠的大草原映衬着缕缕白烟。在阿苏火山博物馆里，可以通过装置在火山口的摄像头看到火山躁动的迹象，令人感叹自然的力量。
另一个原因是出现在明海上的神秘火光。传说日本景行天皇为了扑灭豪族“熊袭”而来到熊本县时，暗夜里靠着出现在海上的火得以安全靠岸，不知名的火到了秋天的晚上便会出现在八代海（有明海）上。该现象已被科学家解释为乌贼渔船的渔火而形成的海市蜃楼。
第三个原因是传说崇神天皇时有土蜘蛛打猴、颈猴二人，率徒众一百八十余人聚于益城郡朝来名峰。天皇于是便派遣健绪组率众诛灭贼众。消灭后健绪组又于国内进行巡察及查探消息。当他们来到八代郡白发山时，因天色已晚便在当地止宿；但夜里的天空突然有自然而生的火焰，并徐徐降到此山上燃烧，令他们一行人大感惊讶。健绪组将这奇怪的事上告天皇，天皇也因此将此地名为“火国”。
熊本县是一个屈指可数的农业县，西瓜、番茄、榻榻米草、甘夏橘子、不知火（椪柑）及宿根星星草的生产量居全日本第一位。为了促进安全、环保农业的发展，该县对在土壤改良过程中努力减少农药及化肥使用的农家，赋予“环保农场”的称号。拥有此称号的农场总数居全日本第一位。熊本县内各地还充分发挥资源的特性，努力研究开发具有熊本特色的农产品。肉鸡“天草大王”、肉牛“肥后赤牛”、草莓“嘿诺希紫库”、不知火椪柑“得口朋——肥之丰”、茄子“嘿沟姆蜡萨克”等熊本县的独创农产品接踵问世。
